Томас приходит в себя в тёмной движущейся камере и вскоре оказывается среди подростков, живущих на поляне в центре загадочного лабиринта. У него нет воспоминаний о прошлом, кроме собственного имени. Новое окружение, называемое "Приют", окружено высокими неприступными стенами. Лабиринт за пределами полянного пространства меняется ежедневно и полон опасностей. На протяжении нескольких лет каждый месяц прибывает новый мальчик, но всё меняется с неожиданным появлением девочки с запиской в руках. Она — первая, кто сохранил память, и её присутствие ставит под сомнение прежний порядок. Томаса начинают посещать странные видения, он ощущает некую связь с Лабиринтом. Осознание того, что его привело сюда нечто большее, настойчиво толкает его к поиску выхода. Он начинает понимать, что разгадка может изменить судьбу всех обитателей Приюта. Борясь с внутренними страхами и внешними угрозами, Томас должен решить, готов ли он столкнуться с правдой, скрытой за стенами.