В разгаре сражение между человечеством и машинами, и пламя войны разгорается всё сильнее. Нео, вместе с Тринити и Морфеусом, продолжает бороться за свободу, ведя сопротивление против машин, угрожающих уничтожением последних бастионов человеческого мира. Матрица трещит по швам, ставя под угрозу как виртуальную, так и реальную действительность. Люди учатся сочетать кибернетические технологии с физической силой, но противник быстро приспосабливается, бросая новые вызовы.
Нео обнаруживает, что его связь с Матрицей уникальна: он обладает способностью манипулировать её структурой. Тем не менее, вместе с этой силой приходит осознание того, что его миссия куда сложнее, чем он полагал. На пути к истине его поджидают запутанные пророчества, лживые союзники и грозный противник — агент Смит, который, трансформируясь, преследует собственные цели. Нео предстоит найти ответы на грани между цифровым миром и реалиями, решив, кем он является на самом деле: спасителем или лишь пешкой в огромной игре.