Действие фильма разворачивается спустя десять лет после событий на Набу, когда Галактическая Республика стоит на краю раскола. Итогом дестабилизации становится образование Альянса сепаратистов, возглавляемого харизматичным графом Дуку, объединившего сотни планет и мощные корпорации. В это время орден джедаев сталкивается с непростой задачей поддержания мира, но их ряды слишком скудны для противостояния надвигающемуся хаосу.
В Сенате бушуют споры, а Верховный канцлер Палпатин использует ситуацию в своих интересах, добиваясь расширения своих полномочий и одобрения создания армии клонов на отдалённой планете Камино. Молодой джедай Энакин Скайуокер, под руководством наставника Оби-Вана Кеноби, борется со своими внутренними переживаниями, особенно после новой встречи с Падме Амидалой. Их чувства становятся всё сильнее несмотря на запреты, и на фоне растущей угрозы войны, душа Энакина попадает в водоворот сомнений и желания, что в будущем повлияет на судьбу всей галактики.